На територијата на Општина Ресен се наоѓа Големото Преспанско езеро. Во водите на Големото Преспанско езеро се наоѓа тромеѓето на македонската, албанската и грчката граница. Со Законот за прогласување на Преспанското Езеро за Споменик на природата (Сл. Весник на РМ, бр. 51/2011), делот од езерото кој е во границите на Република Македонија заради природните убавини, геоморфолошките, хидролошките и хидробиолошките и други научни вредности е прогласен за споменик на природата. Вкупната површина на споменикот на природата Преспанско Езеро во границите опишани во законот изнесува 17 788 ha. Општина Ресен е надлежна за управување со овој споменик на природата. Преспанското Езеро има особено не само национално, туку и меѓународно значење пред се заради неговите природни карактеристики, и како природен феномен (едно од 17-те зачувани тектонски езера во светот) и како живеалиште на голем број ендемични, ретки и загрозени видови претежно од ихтио и орнитофауната.

На северниот дел од езерото сместен е Природниот Резерват Езерани на површина            1 917 ha од што 1 066 ha се копнена површина, додека 851 ha е водна површина. Односот на копнена и водна површина е релативен, бидејќи нивото на Преспанското Езеро значително варира во тек на годината и особено во тек на подолги периоди. Заштитеното подрачје е живеалиште на околу 200 видови на птици, од кои 62 видови се ставени на листата на заштитени видови во согласност со Берн Конвенцијата, а три видови се наоѓаат на Европската Црвена листа од светски загрозени видови. Карактеристичен претставник на фауната во Преспанското Езеро е Пеликанот (Pelecanus crispus). Пеликанот е една од најкрупните птици кои егзистираат на вода, главно во потоплите краишта, кај нас го има единствено на двете Преспански Езера. Единствената колонија на Големиот Бел пеликан (Pelecanus onocrotalus) во Европската Унија се наоѓа во Преспа.

Природна реткост претставува островот Голем Град кој се наоѓа во Големото Преспанско Езеро и зафаќа површина од 1 km². Островот е обраснат е со бујна шумска вегетација со најголема застапеност на фојата која е ендемичен вид. На островот постоеле 7 цркви, од кои сочувана е само пештерската црква Св. Петар. Островот е археолошки локалитет со остатоци од живеалишта, цркви некрополи од Римската епоха и средновековието, богат резерват на ендемични растенија и како природна реткост заштитет со Закон и изолиран хабитат со минимално влијание од страна на човекот. Влегува во рамките на Националниот Парк Галичица.

Во непосредна близина на Преспанското Езеро, односно на дел од неговата брегова линија се наоѓаат и два национални паркови: Националниот Парк Пелистер (прогласен 30.11.1948 год.) и Националниот Парк Галичица (Сл. Весник на РМ бр. 31/58).

Националниот парк Галичица завзема положба меѓу двете езера – Охридското и Преспанското. Се протега на површина од 22.750 ha. Галичица се одликува со мошне богат и разновиден растителен свет – некаде преку 1 000 видови, меѓу кои голем број реликти и ендеми.

Националниот парк Пелистер со површина од 12 000 ha е првиот национален парк на територијата на дел од планината Баба. Националниот парк изобилува со разни видови релјефни облици кои се формирани низ долготрајни и мошне сложени природни процеси од кои највпечатливи се камените реки и камените мориња. Од посебна привлечност се и двете глацијални езера – Големото и Малото Езеро на Пелистер, познати како „Пелистерски Очи“.

На територијата на Општина Ресен има 3 специјални шумски резервати, и тоа:

• • Резерват од ела (Abies alba Mill.). Резерватот се наоѓа на планината Баба во месноста „Рупа”. Површината на резерватот изнесува 7,6 ha и претставува крајна граница на простирање на овој дел од Балканскиот Полуостров.
  • Резерват од бреза (Betula verrucosa Erhr.). Резерватот се наоѓа на планината Баба кај месностите „Непртка” и „Калојзана”.
  • Резерват од бука (Fagus moesiaca Ozeczott). Овој резерват се наоѓа на планината Баба во месноста „Калојзана”. Површината на резерватот изнесува  5 ha.